Функция setup() вызывается, когда стартует скетч. Используется для инициализации переменных, определения режимов работы выводов, запуска используемых библиотек и т.д. Функция setup запускает только один раз, после каждой подачи питания или сброса платы Arduino.

int buttonPin = 3;
void setup()
{
  Serial.begin(9600);
  pinMode(buttonPin, INPUT);
}
void loop()
{
  // ...
}